M&Aにかかる税金は？売り手と買い手での違いを解説
M&Aの取引には税金が課せられます。基本的には、M&Aによって対価を得る売り手側に納税の義務がありますが、利用するM&Aのスキーム（手法）によっては買い手側が納めなければならないケースもあります。
M&Aで発生する税金には、所得税、法人税、消費税など複数の種類があります。かかる税金の種類や額は個別の事情によって大きく異なります。M&A成約後のトラブルを防ぐためにも、事前に納税額を確認する必要があります。
今回の記事では、
- M&Aにかかる税金の種類
- M&Aで納める税金の額
- 節税のコツ
などをわかりやすく解説します。
M&Aにおける税金について
M&Aにおける税金は、取引主体が個人事業主か法人かによって大きく異なります。個人事業主と法人ではそもそも課税内容が違うためです。
| 個人事業主にかかる税金 | 法人にかかる税金 |
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個人事業主と法人にかかる税金はそれぞれ計算方法が違います。このため、M&Aで得た収入が同じであっても、最終的な納税額が変わってきます。
個人事業主の税金
個人事業主がM&Aによって得た収入には、主に所得税が課せられます。個人事業主の所得は次の10種類に分類されます。
- 利子所得
- 配当所得
- 不動産所得
- 事業所得
- 給与所得
- 退職所得
- 山林所得
- 譲渡所得
- 一時所得
- 雑所得
これらの所得に対する課税方法は、大きく「総合課税」と「分離課税」の2つに分けられます。
| 課税方法 | 税額の計算方法 | 適用される所得の種類 |
| 総合課税 | 同じ課税方法の所得を合算し、一定の税率をかけて計算する | 配当所得、不動産所得、事業所得、給与所得、譲渡所得（ゴルフ会員権など）、一時所得、雑所得 |
| 分離課税 | ほかの所得とは合算せず、個別に税額を計算する | 利子所得、退職所得、山林所得、譲渡所得（土地・建物・株式の売却など） |
法人の税金
法人の所得には、主に次の3つの税金が課せられます。
- 法人税（地方法人税を含む）
- 法人住民税（都道府県民税、市町村民税）の法人税割
- 法人事業税の所得割（地方法人特別税を含む）
法人の課税方法には分離課税がなく、基本的に事業年度単位で所得を合算して税金を算出します。M&Aによる所得については、ほかの損益と合わせてプラスになる場合には納税の義務がありますが、マイナスになる場合には税金がかかりません。
法人の所得金額に乗じる税率を実効税率と呼びます。実効税率は事業規模や所在地によって変わります。
株式譲渡によるM&Aの税金
株式譲渡とは、売り手企業の発行株式を買い手企業に譲渡するM&Aのスキームです。買い手企業は売り手企業の発行株式の過半数を譲り受けることで、売り手企業の経営権を取得します。中小企業のM&Aでよく採用されている手法です。
売り手企業の株主が受け取った対価には税金がかかります。基本的に税金が課されるのは売り手側ですが、場合によっては買い手側にも贈与税が発生することがあります。税金の計算方法は個人株主と法人株主で異なります。
なお、株式譲渡では消費税は発生しません。
個人株主の税金の計算方法
個人株主が株式譲渡によって得た対価は「譲渡所得」に分類されます。株式の譲渡所得はほかの所得とは合算せず、個別に税金を計算（分離課税）します。
株式譲渡所得に課される税金は売り手側と買い手側で異なります。
- 売り手…所得税、復興特別所得税、個人住民税
- 買い手…贈与税（一定の場合のみ）
ここでは、個人株主が売り手の場合と買い手の場合に分けて、それぞれの税金の計算方法を解説します。
個人株主が売り手の場合
株式譲渡によって、売り手側の個人株主が得た所得には税金がかかります。課される税金は所得税、復興特別所得税、個人住民税の3種類です。それぞれ税率が異なります。
| 税金の種類 | 内容 | 税率 |
| 所得税 | 所得に応じて国に納める税金 | 15% |
| 復興特別所得税 | 東日本大震災の復興財源として導入された税金 ※2037年まで |
0.315% |
| 個人住民税 | 所得に応じて自治体に納める税金 | 5% |
具体的な納税額は、まず譲渡収入から必要経費を差し引いた金額を求め、税率20.315%（所得税率＋復興特別所得税率＋住民税率）を乗じて計算します。
個人株主（売り手）の納税額＝（譲渡収入ー必要経費）×20.315%
個人株主の場合、譲渡収入の最低5%を取得費として必要経費に計上できます。例えば、株式譲渡の収入が1億円のケースでは、その5％である500万円が必要経費となるので、次のような計算式になります。
（1億円ー500万円）×20.315%＝19,299,250円
個人株主が買い手の場合
個人株主が買い手の場合、必ず税金を納付するとは限りません。ただし、状況によっては贈与税が発生することがあります。
買い手に贈与税が課せられるのは、個人株主から個人株主に対する株式譲渡において、実際の譲渡価格と時価に著しく差がある場合です。
譲渡価格が時価と比べて著しく低い場合、買い手はその差額分の贈与を受けたと見なされます。このため、譲渡価格と時価の差額に対して、贈与税が課せられます。
贈与税の計算方法は次の通りです。
贈与税額＝（時価ー譲渡価格）×贈与税率
贈与税率は贈与を受けたと見なされた額（時価と譲渡価格の差額）によって変動します。最低10%から最大55%まで幅があります。
法人株主の税金の計算方法
法人株主が株式譲渡によって得た所得にかかる税金は、ほかの所得と合算したうえで算出します。個人株主の場合と異なり、株式譲渡の所得のみを個別に計算することはできないため注意しましょう。
法人株主に課される税金は売り手側と買い手側で異なります。
- 売り手…法人税、法人住民税の法人税割、法人事業税の所得割
- 買い手…法人税、法人住民税の法人税割、法人事業税の所得割（いずれも一定の場合のみ）
ここでは、法人株主が売り手の場合と買い手の場合に分けて、税金の計算方法を解説します。
法人株主が売り手の場合
法人株主が売り手の場合、法人税等（法人税、法人住民税の法人税割、法人事業税の所得割）が課せられます。法人税等の実効税率は資本金や所得金額によって異なりますが、およそ30〜35%となっています。
法人株主の納税額は、株式譲渡によって得た所得とほかの損益と合算し、その金額に実効税率を乗じて求めます。計算式は次の通りです。
法人株主（売り手）の納税額＝（譲渡所得＋ほかの事業による損益）×実効税率
例えば、譲渡所得が1億円、ほかの事業による利益が1億円、実効税率が30%の場合を考えてみます。
（1億円＋1億円）×30%＝6,000万円
一方、譲渡所得が1億円でも、ほかの事業で損失1億円を計上した場合、合算した所得は0円となり、法人税等はかかりません。
法人株主が買い手の場合
法人株主が買い手の場合、基本的には税金はかかりません。ただし、状況によっては法人税等の納付が必要になることがあります。
買い手に法人税等が課せられるのは、法人株主から法人株主に対する株式譲渡において、実際の譲渡価格と時価に差がある場合です。
譲渡価格が時価と比べて低い場合、買い手はその差額分の寄付を受けたと見なされます。このため、譲渡価格と時価の差額に対して、法人税が課せられるわけです。
買い手が課税される場合、納税額は次のように求めます。
法人株主（買い手）の納税額＝（時価―譲渡価格）×実効税率
事業譲渡によるM&Aの税金
事業譲渡とは、売り手が運営する事業の全部あるいは一部を、買い手に譲り渡すM&Aのスキームです。
事業譲渡によるM&Aでは、売り手と買い手の双方に税金が課されます。事業譲渡は主に法人間で採用されるスキームのため、法人に絞って説明します。
ここでは、売り手の場合と買い手の場合に分けて、発生する税金の種類と計算方法を解説します。
売り手の場合
売り手企業が事業を売却すると、その対価として金銭を受け取ります。この売却益には、株式譲渡と同様に税金が課されます。
売り手企業に課される税金は次の3種類です。
- 法人税等
- 消費税
- 不動産譲渡税
以下、それぞれの税金の内容と算出方法を解説します。
法人税
事業譲渡によって、売り手企業が得た利益には法人税等が課されます。法人税等には、法人税、法人住民税の法人税割、法人事業税の所得割が含まれています。これらを合計した実効税率はおよそ30〜35%です。
事業譲渡で発生する法人税は、事業売却損益を計算し、ほかの所得と合算したうえで、実効税率を乗じて求めます。事業売却損益は、実際の譲渡価格から譲渡した資産と負債の差額を差し引いて求めます。それぞれの計算式は次の通りです。
事業売却損益＝譲渡価格ー（譲渡した資産ー負債）
法人税等＝（事業売却損益＋ほかの所得）×実効税率
例えば、譲渡価格が5億円、譲渡した資産と負債の差額が1億円、ほかの所得が1億円、実効税率が30%の場合を考えてみます。
5億円ー1億円＝4億円（事業売却損益）
（4億円＋1億円）×30%＝1億5,000万円
このケースでは、売り手企業は1億5,000万円を法人税等として納付する必要があります。
消費税
事業譲渡において、譲渡する事業に課税対象の資産が含まれている場合、売り手企業は消費税を納める必要があります。ただし、実際に消費税を負担するのは買い手企業です。売り手企業はあくまで、買い手企業から消費税を徴収して納めることになります。
消費税が課税される資産には、土地以外の有形固定資産や営業権（のれん代）などがあります。消費税は課税対象資産の総額に消費税率（10%）を乗じて求めます。
消費税＝課税対象資産×10%
このため、たとえ事業譲渡における譲渡価格が10億円でも、消費税が1億円徴収されるわけではありません。
不動産譲渡税
個人の売り手が譲渡する資産の中に、土地や建物などの不動産が含まれている場合は、不動産譲渡税が発生します。
税率はその不動産の所有期間が5年を超えるかどうかで異なります。所有期間が5年以下の場合は短期譲渡所得となり、所得税30%と住民税9%が課税されます。所有期間が5年を超える場合は長期譲渡所得となり、所得税15%と住民税5%が課税されます。
ただし、不動産譲渡税は法人には発生しません。一般に事業譲渡は法人間の取引となるため、不動産譲渡税は課されません。
買い手の場合
売り手企業から事業を譲り受けた買い手企業には、複数の税金が課されます。事業譲渡によって発生する税金は次の4種類です。
- 印紙税
- 消費税
- 不動産取得税
- 登録免許税
以下、それぞれの税金の内容と算出方法を解説します。
印紙税
買い手企業が納める税金の一つに印紙税があります。印紙税は不動産や営業権など特定の内容の譲受があったときに発生します。
印紙税は不動産売買契約書や不動産売渡証書などの文書ごとに課されます。契約金額に応じて印紙税額は変動します。印紙税額は最大48万円（契約金額が50億円を超える場合）です。
消費税
事業譲渡において、譲り受けた資産に課税対象のものが含まれていた場合、買い手企業が消費税を負担します。ただし、消費税を納税するのは売り手企業です。
課税される資産と課税されない（非課税）資産には以下のようなものがあります。
| 課税資産 | 非課税資産 |
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消費税率は10%（2024年3月17日時点）です。
出典：国税庁「No.6303 消費税および地方消費税の税率」
消費税額は譲受資産のうち、課税対象となる資産額に消費税率を乗じて求めます。例えば、譲受資産が10億円、課税対象資産が5億円の場合、消費税額は5,000万円となります。
不動産取得税
事業譲渡において、売り手企業から譲渡された資産の中に不動産が含まれていた場合、買い手企業は不動産取得税を納めることになります。不動産は土地と建物に分けられます。
- 土地…住宅地、田んぼ、畑、山林など
- 建物…住宅、店舗、工場、倉庫など
不動産取得税率は原則4%です。ただし、土地と住宅については3%の軽減税率が適用されています（2024年3月17日時点）。
不動産取得税は次の計算式で求めます。
不動産取得税＝固定資産税評価額×4%（住宅・土地は3%）
例えば、事業譲渡によって、固定資産税評価額5億円の土地と、固定資産税評価額1億円の店舗を取得したとします。それぞれ税率が異なるため、次のように計算します。
土地の不動産取得税＝5億円×3%＝1,500万円
店舗の不動産取得税＝1億円×4%＝400万円
以上により、買い手企業は1,900万円の不動産取得税を納めることになります。
出典：総務省「不動産所得税」
登録免許税
売り手企業から譲渡された資産に不動産が含まれていた場合、不動産取得税だけでなく、登録免許税も発生します。登録免許税は不動産の登記を書き換えるために必要になる税金です。
登録免許税は固定資産税評価額に規定の税率を乗じて求めます。税率は土地・建物ともに原則1.5%です。
例えば、固定資産税評価額1億円の土地を譲り受けた場合、「1億円×1.5%」で150万円が登録免許税として徴収されます。
M&Aにおける税制適格要件とは？
M&Aにおいては、税制上の優遇措置が受けられる適格要件が定められています。これを税制適格要件と呼びます。
M&Aのスキームのうち、税制適格要件を満たした会社分割と合併は適格組織再編行為とされています。適格組織再編では、譲渡する資産を簿価で計算するため、譲渡益が生じません。一方、事業譲渡や株式譲渡などの非適格組織再編では、譲渡対象資産は時価で計算されるため、簿価との差額（譲渡益）が生じます。
税制適格要件としては、次の6つの要件が挙げられます。
| １ | 対価要件 | 対価が株式のみ |
| ２ | 事業関連要件 | 譲渡企業ー譲受企業間の事業に関連がある |
| ３ | 事業規模要件／経営参画要件 | 譲渡企業ー譲受企業間の事業規模の差が5倍以内 |
| ４ | 従業者引継要件 | 従業員の約8割が引き継がれる |
| ５ | 移転事業継続要件 | 事業が継続される |
| ６ | 株式継続保有要件 | 株式の保有が継続される |
M&Aで納める税金を節約する方法
M&Aでは、売り手と買い手ともに多額の税金が発生する可能性があります。納税額の不安からM&Aをためらってしまう経営者の方も少なくないでしょう。M&A実施後にできる限り多くの資金を残すためにも、税金を節約する方法を知っておくことをおすすめします。
節税方法としては次の6つが挙げられます。
- 役員退職金を活用して株式を譲渡する
- 第三者割当増資を実施する
- 買い手がいる資産のみを売却する
- 売却益を経費で相殺する
- 繰越欠損金を利用する
- 相続後3年10カ月以内の特例を活用する
役員退職金を活用して株式を譲渡する
M&Aで利用できる節税対策に、役員退職金を活用する方法があります。M&Aを実施するタイミングで役員退職金を支給することで、M&Aの見かけ上の利益を削減でき、節税になります。
この節税対策を利用するには、次の2つの条件の両方を満たす必要があります。
- 売り手株主が対象会社の株式を保有している
- 売り手株主が対象会社の役員を務めている
役員退職金を活用した節税では、退職所得と譲渡所得の税率の違いがポイントとなります。個人株主が株式譲渡で得た譲渡所得に課税される税率は20.315%です。一方、退職所得には退職所得控除が適用されています。
譲渡所得の税率よりも、退職所得の税率が低くなるように設定することで、節税ができる仕組みです。
第三者割当増資を実施する
M&Aのスキームのうち、第三者割当増資を選択する節税方法もあります。
第三者割当増資とは、既存の株式を売却せず、新株を発行して出資金を得る方法です。全体の5割を超える株式を保有すれば実質的に経営権を取得できるため、第三者割当増資では既存株式よりも多い新株を第三者に割り当てることになります。
第三者割当増資は主に株式譲渡の代わりに用いられる手法で、譲渡益がないため、一定の範囲であれば税金も発生しません。経営権が特定の第三者に移行する点では株式譲渡と同じですが、株式の対価が既存株主に支払われるのではなく、法人に支払われる点で異なります。
買い手が必要としている資産のみを売却する
買い手にとって必要な資産のみをM&Aの対象とすることで、節税を図る方法もあります。
事業譲渡では買い手側が引き継ぐ資産・負債を選択できますが、株式譲渡では全ての資産や負債を含めた会社まるごとを譲り受けることになります。買い手にとっては不要な資産であっても、引き受けざるを得なくなるため、譲渡金額が膨らんでしまう傾向があります。譲渡金額が大きくなればなるほど、売り手の税金負担も大きくなります。
そこで、あらかじめ買い手にとって必要な資産のみを引き継ぐことで、譲渡金額と税金を抑えることができます。主な方法は3つあります。
- M&A前に不要な資産を別の会社に売却する
- 事業譲渡のスキームを選択する
- 事前に会社分割で必要な資産と不要な資産を分ける
売却益を経費で相殺する
M&Aのタイミングと経費が発生する時期を合わせることで、法人税を相殺する節税方法もあります。この節税方法は法人のみが利用できます。
これまでに説明したように、法人の課税は事業年度単位で所得を合算して税金を算出して行います。M&A単体では課税されず、年度全体の損益を合算したうえで、法人税等の納税額が決定されます。
この仕組みを使うことで、M&Aの譲渡益を経費と相殺できます。例えば、M&Aの譲渡益を1億円計上した事業年度に1億円の経費を使用すれば、全体の損益はゼロとなり、法人税等は発生しません。
ただし、手元に残るキャッシュ自体は少なくなってしまうため、意味のない経費の計上は避けるべきです。
繰越欠損金を利用する
M&Aの節税方法としては、繰越欠損金の利用が挙げられます。繰越欠損金とは、過去の損失を将来の所得から差し引く制度です。法人が非上場会社の株式を売却して損失を出した場合、その損失を繰り越して控除できます。
ただし、法人の資本金の額によっては、充当できる繰越欠損金の額が異なるため注意が必要です。
相続後3年10カ月以内の特例を活用する
株式を相続してから3年10カ月以内の個人株主には、特例が適用できる場合があります。特例は以下の2つに分けられます。
- 株式譲渡で得た所得を計算する際に、相続時の税金を購入費用に加算できる
- 非上場の株式を発行会社に譲渡する場合、高い税率が適用される可能性のある総合課税の配当所得部分はなく、通常の譲渡所得の課税扱いになる
ただし、法人株主の場合には、上記の特例は適用されません。
M&Aにかかる税金を納めるタイミング
M&Aにかかる税金については、一定のタイミングで納税しなければなりません。ただし、納税時期は個人事業主と法人で異なるため、注意が必要です。
個人事業主の場合
個人事業主の場合、通常の確定申告によって納税額が決定します。M&Aを実施していても、していなくても、確定申告をして税金を納めます。
確定申告は通常、毎年2月中旬から3月中旬までの約1カ月間に実施します。申告の対象となるのは、前年の1月1日〜12月31日までの収支です。
法人の場合
法人の場合、その法人が定めている事業年度終了日の翌日から2カ月以内に納税をします。例えば、3月31日が事業年度終了日となる会社においては、5月31日が納税期限となります。
ただし、一部の上場企業など複雑な会計処理が必要な会社では、決算の申告期限の延長を申請できる場合があります。
まとめ
M&Aの取引でかかる税金の種類や計算方法は、取引主体や利用するM&Aのスキームによって大きく異なります。原則として、納税の義務を負うのは売り手側ですが、状況によっては買い手側が税金を納めることもあります。
また、利用するM&Aのスキーム次第では、税金を節約できる可能性があります。ただし、個人事業主と法人では利用できる節税方法に違いがあるほか、間違った理解でM&Aを進めるとかえって納税額がかさんでしまうケースも考えられます。
M&Aを実施する前にはあらかじめ納税額を確認し、正しい知識で節税を検討する必要があります。M&Aでかかる納税額に不安を感じたら、早い段階でM&Aアドバイザーや税理士などの専門家に相談しましょう。
▼監修者プロフィール
岩下 岳（S&G株式会社 代表取締役） S&G株式会社
新卒で日立Gr.に入社。同社の海外拠点立上げ業務等に従事。
その後、東証一部上場のM&A仲介業界最大手の日本M&Aセンターへ入社ディールマネージャーとして、複数社のM&A（株式譲渡・事業譲渡・業務提携等）支援に関与。IT、製造業、人材、小売、エンタメ、建設、飲食、ホテル、物流、不動産、サービス業、アパレル、産業廃棄物処分業等、様々な業界・業種でM＆Aの支援実績を有する。現在はS&G代表として、M&Aアドバイザー、及び企業顧問に従事している。
