会社合併で発生する税金とは？仕組みや節税の方法を解説
会社合併を検討する際、税金や節税方法に悩まれる方も多いでしょう。一般に、合併時には消滅企業（被合併法人）の資産を存続企業（合併法人）へ承継する過程で、譲渡損益が発生し、これに税金が課されます。
ただし、適格合併を適用できる場合、譲渡損益は繰延べられるため税金が発生しません。さらに、合併法人が被合併法人の繰り越し欠損金を引き継げる場合があり、これにより将来の税負担が軽減される可能性があります。
本記事では、会社合併の概要や適格合併・非適格合併の違い、発生する税金や節税方法などについて詳しく解説しますので参考にしてください。
目次
会社合併の概要
適格合併の基準は複雑ですが、どのような視点で法人税法がこれらの条件を設定しているかを把握することが重要です。はじめに、適格合併と非適格合併の違いや、その定義に焦点を当てて解説します。
適格合併の定義
合併は、M&Aの手法の一つで、税法上は「適格合併」と「非適格合併」の二つに区別されています。
「適格合併」とは、合併する企業が買収する企業の資産と負債を帳簿上の価値で継承可能なケースを指し、譲渡益や損失が生じず、法人税の課税対象とはなりません。このように適格合併を利用すると、合併する企業と買収される企業双方に税務上利点が生まれます。
また、適格合併を適用するためには、各合併事例に特有の条件が満たされている必要があります。
適格合併と非適格合併の違い
適格合併の条件を充たさない合併は、「非適格合併」と呼ばれています。合併に際しての時価評価に基づく譲渡とみなされ、その結果法人税が課されます。
適格合併は税金が発生しない
通常、合併する企業と被合併する企業の間で資産の移転が行われる際は「時価での譲渡」とみなされ、その結果発生する譲渡利益には法人税が適用されます。ただし、適格合併の規定が利用されるケースでは、譲渡利益や損失が繰り延べられるため、その合併に関連する法人税は発生しません。
以下では、適格合併における税務処理を紹介します。
合併する側の税務処理
合併する側である合併法人側では、被合併法人の貸借対照表の資産及び負債を簿価で合併会社に引き継いで処理します。
なお、利益積立金額は簿価引継として処理します。
| 借方 | 貸方 | ||
| 科目 | 金額 | 科目 | 金額 |
| 諸資産 | 簿価引継 | 諸負債 | 簿価引継 |
| 資本金等の額 | 簿価引継 | ||
| 利益積立金額 | 差額 |
合併される側の税務処理
合併される側である被合併法人側では、貸借対照表の資産及び負債の逆仕訳により、全科目残高を相殺します。
| 借方 | 貸方 | ||
| 科目 | 金額 | 科目 | 金額 |
| 諸負債 | 簿価 | 諸資産 | 簿価 |
| 資本金等の額 | 簿価 | ||
| 利益積立金額 | 簿価 |
合併される側の株主の税務処理
合併される側の被合併法人の株主は、被合併法人株式の簿価を存続する合併法人株式の取得原価に付け替えます。なお、みなし配当や源泉徴収は適格合併の場合は発生せず、株式取得に際して生じた費用があった場合は以下に加えて計上します。
また、親会社・子会社間の吸収合併の際は抱合せ株式の問題が発生しますが、その際には合併法人・被合併法人双方の株主の税務処理を合算して行います。
| 借方 | 貸方 | ||
| 科目 | 金額 | 科目 | 金額 |
| 合併法人株式 | 簿価付替 | 被合併法人株式 | 簿価 |
非適格合併は税金が発生する
上述のとおり、適格合併に該当しない場合は非適格合併として扱われ、税法上のメリットを享受できなくなり、税金が発生してしまいます。
以下では、非適格合併における税務処理を紹介します。
合併する側の税務処理
合併する側である合併法人側では、貸借対照表上の資産及び負債を時価で引き継ぎます。なお、被合併法人から移転を受けた資産の合計額が移転資産や負債の時価純資産額を超えた場合は、資産調整勘定（差額負債調整勘定）として扱われます。
| 借方 | 貸方 | ||
| 科目 | 金額 | 科目 | 金額 |
| 諸資産 | 時価計上 | 諸負債 | 時価計上 |
| 資産調整勘定 | 貸借差額 | 租税債務 | 確定税額 |
| 資本金等の額 | 時価 |
合併される側の税務処理
合併される側である被合併法人は、以下のように2段階で税務処理を行います。
（1）資産及び負債を合併法人に売却し合併対価を受け取り、貸借対照表上の純資産との差額を譲渡損益とします。
なお、株式譲渡益は課税されるため同時に租税債務も発生し、これにより純資産の減少となることから結果的に純資産との差分も大きくなり、新たな株式譲渡益が発生する場合もあります。
| 借方 | 貸方 | ||
| 科目 | 金額 | 科目 | 金額 |
| 合併対価 | 時価 | 諸資産 | 簿価 |
| 諸負債 | 簿価 | 株式譲渡損益 | 貸借差額 |
| 租税債務 | 下記の税額 | ||
| 法人税・住民税 | 発生税額※ | 租税債務 | 借方の税額 |
（2）（1）で受け取った合併対価を株主に分配し、以下の仕訳により、貸借対照表の資産及び負債の残高を0にします。
| 借方 | 貸方 | ||
| 科目 | 金額 | 科目 | 金額 |
| 資本金等の額 | 貸借対照表上の残高全額 | 合併対価 | 時価 |
| 利益積立金額 （みなし配当） | 貸借差額 |
合併される側の株主の税務処理
合併される側である被合併法人の株主の税務上の仕訳は以下の２通りがあります。
（1）合併対価として合併法人株式のみを分配された場合
被合併法人株式の簿価を付け替え、みなし配当の額を加算します。
なお、株式取得に際して生じた費用があった場合は以下に加えて計上します。
| 借方 | 貸方 | ||
| 科目 | 金額 | 科目 | 金額 |
| 合併法人株式 | 貸方合計 | 被合併法人株式 | 簿価 |
| 受取配当金 | みなし配当の額 |
（2）合併対価が合併法人株式の分配のみ以外（現金など）の場合
合併対価を取得に要した時価で計上し、被合併法人株式の簿価とみなし配当との差額を株式譲渡損益として税務処理を行います。
なお、株式取得に際して生じた費用があった場合は以下に加えて計上します。
| 借方 | 貸方 | ||
| 科目 | 金額 | 科目 | 金額 |
| 合併対価 | 時価計上 | 被合併法人株式 | 簿価 |
| 株式譲渡損益 | 貸借差額 | 受取配当金 | みなし配当の額 |
以下の状況では、譲渡損益は計上されず、貸借差額は「資本金等の額」に組み入れられます。
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- 完全支配関係にある企業間で行われる非適格合併が原因で生じた場合
- 抱合わせ株式が生じた場合
会社の合併時に節税する方法
会社の合併時に節税する方法は以下があります。
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- 適格合併の要件を満たす
- 損益通算を行う
- 消費税負担面を考慮する
適格合併の要件を満たす
通常、合併する企業と被合併する企業間で資産の移転が行われる際は、「時価による譲渡」とみなされ、その結果生じる譲渡益には法人税が適用されます。しかし、適格合併のケースでは、譲渡損益が繰り延べられることにより、この合併に関連する法人税は課されません。
損益通算を行う
適格合併の場合は、被合併法人の繰越欠損金を合併後に引き継ぐ可能性（損益通算）が出てきます。繰越欠損金を使うと、一定のルールにもとづいた計算のもと、将来の黒字と相殺することにより、将来的に法人税を圧縮することが可能です。
消費税負担面を考慮する
会社合併は消費税の課税対象外であり、消費税の非課税取引とされます。しかし、事業の譲渡に際しては、各譲渡資産に対して個別に課税区分の決定が必要です。とくに、営業権などの譲渡は消費税の課税対象となり得ます。
また、合併によって課税期間内の課税売上高が1,000万円を超えるケースや、合併後の企業の資本金や出資額が1,000万円以上の場合、消費税の納税義務が発生します。このような状況では、消費税の納付が求められるため注意が必要です。
合併で節税するときの留意点
合併で節税するときの留意点は以下のとおりです。
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- 減税措置の縮小
- 繰越欠損金・資産譲渡損の制限規定
- 合併自体にコストがかかる
減税措置の縮小
現状、所得が800万円以下の中小企業には優遇税制が適用され、税率は15％となっていますが、合併によって所得が800万円を超える場合、税率は23.2％に上昇します。さらに、繰越欠損金の繰り越しを含む一部の優遇税制は、合併によって適用外となる可能性があるため、合併を検討する際は注意する必要があります。
繰越欠損金・資産譲渡損の制限規定
適格合併では、被合併法人の資産を合併法人が引き継ぐことで、損失を移転することが可能です。しかし、このメカニズムを利用した租税回避を防ぐため、潜在的な損失を含む一定の資産（特定引継資産）の譲渡における損失の記録には制限が設けられています。
また、逆合併などを通じた租税回避を防ぐため、合併法人が保有する特定の資産（特定保有資産）に対しても損失の計上に同様の制限が適用されます。
合併自体にコストがかかる
会社合併を進める際は、多くの手続きとそれに伴うコストが発生することに留意する必要があります。合併には法的な登記が必要であり、さらに企業間の組織統合や株主総会の開催、債権者保護など、多くの手続きなどがあります。
手続き全体が手間と時間を要するだけでなく、登記の際には登録免許税がかかるなど、さまざまなコストも発生します。新設合併の場合は、吸収合併と比較してもさらに手間がかかることが予想されるため、事前に十分な準備・計画が必要です。
まとめ
本記事では、会社合併の概要や適格合併・非適格合併においての税金の発生有無、節税方法などを紹介しました。適格合併は、法人税が免除されることや、被合併法人の繰り越し欠損金の損益通算ができる可能性があるなど、税務上のメリットがあります。
しかし、これらのメリットを享受するためには、特定の条件を満たす必要があります。適格合併の条件を満たしても、実際の状況によっては提供される税務上のメリットを完全に利用できない場合があることも認識しておきましょう。
▼監修者プロフィール
岩下 岳（S&G株式会社 代表取締役） S&G株式会社
新卒で日立Gr.に入社。同社の海外拠点立上げ業務等に従事。
その後、東証一部上場のM&A仲介業界最大手の日本M&Aセンターへ入社ディールマネージャーとして、複数社のM&A（株式譲渡・事業譲渡・業務提携等）支援に関与。IT、製造業、人材、小売、エンタメ、建設、飲食、ホテル、物流、不動産、サービス業、アパレル、産業廃棄物処分業等、様々な業界・業種でM＆Aの支援実績を有する。現在はS&G代表として、M&Aアドバイザー、及び企業顧問に従事している。
